Vo februári 1998 osviežil vzhľad radu Felicia veľký facelift, navonok viditeľný hlavne zjednotením dizajnového jazyka širokého sortimentu značky Škoda. Tvar popredných svetlometov aj masky chladiča už pripomínal väčší model Octavia. V júni 2001 sa pôsobivá kariéra automobilov Škoda Felicia úspešne zavŕšila, celkom vzniklo 1 401 489 exemplárov. Následníkom sa stal mimoriadne vydarený model Škoda Fabia, vyrábaný od roku 1999.